Suomen Nuorisovaltuustojen Liitto - NUVA ry:n ylin päättävä elin on liittokokous, joka yleensä on marraskuussa. Liittokokouksessa käsitellään ja hyväksytään toimintasuunnitelma ja tavoiteohjelma seuraavaksi vuodeksi sekä päivitetään periaateohjelmaa. Nämä kolme muodostavat NUVA ry:n peruslinjan. Lisäksi hyväksytään talousarvio ja tehdään tarvittaessa sääntömuutoksia. Liittokokouksessa valitaan myös puheenjohtajisto ja hallitus seuraavaksi kalenterivuodeksi. Ehdolle puheenjohtajaksi voi asettua kuka tahansa 18 vuotta täyttänyt NUVA ry:n jäsen. Varapuheenjohtajia valitaan kaksi ja hallituksen jäseniä kuusi. Myös varapuheenjohtajaksi ja hallitukseen voi asettua ehdolle kuka tahansa yhdistyksen jäsen. Yhdistyksen käytännön rutiineista huolehtii toiminnanjohtaja.